Управление

После ликвидации института главнокомандующего с 1920 г. фактическое командование войсками в мирное время перешло в руки военного министра, а верховное командование по Конституции Эстонской Республики было прерогативой правительства страны. При этом в обязанности военного министерства входили административное руководство и военное планирование в мирное время. Военному министру напрямую подчинялись заместитель, штаб вооруженных сил, управление тыла, управление военного здравоохранения, инстанции военной юриспруденции, инспекторы родов войск, командиры дивизий, командующие родами и видами войск, командующий объединенными учебными заведениями. Помощник же министра был военным высшего ранга.
Во время коммунистического восстания 1924 г. должность главнокомандующего была временно восстановлена, однако постоянной ее сделали только после государственного переворота в марте 1934 г. Эту важную должность занимал генерал Йохан Лайдонер, в руках которого сосредоточилась вся полнота военной власти. В связи с этим роль военного министерства значительно уменьшилась.
Важным рабочим органом, занимавшимся оперативным руководством, организацией выучки и вопросами развития армии, был штаб вооруженных сил. Он был создан на основе штаба главнокомандующего после окончания Освободительной войны и поначалу состоял из генерального штаба и распорядительного управления. В 1926 г. штаб вооруженных сил был ликвидирован из соображений практичности и во избежание дублирования структуры управления. Но при смене военного министра в 1929 г. штаб был создан вновь. При ликвидации штаба вооруженных сил остался входивший в его состав Генеральный штаб, который был ликвидирован в 1929 г. А в 1933 г. был создан высший совещательный орган – Совет государственной обороны.
Общее развитие вооруженных сил Эстонии в мирные двадцатые-тридцатые годы было сопряжено с политическими диспутами вокруг политики государственной обороны. Частая смена правительственных кабинетов, а следовательно, и военных министров, вызывала частые изменения и встряски в развитии и деятельности армии. Лишь с приходом к власти авторитарной диктатуры Пятса-Лайдонера в марте 1934 г. установилась некоторая стабильность в этих важных вопросах.